五常大米的历史可以追溯到唐初渤海国时期（7世纪中叶），当时五常境内就有农民种植水稻。

清乾隆十年（1745年），清政府指派1000户亲族旗人到五常拉林地区屯垦戍边。清道光十五年（1835年），吉林将军富俊征集部分朝鲜人在五常一带引河水种稻，所收获稻子用石碾碾制成大米，封为贡米，专送京城，供皇室享用。咸丰四年（1854年），清政府在当地设立了“举仁、由义、崇礼、尚智、诚信”五个甲社，以“三纲五常”中“仁、义、礼、智、信”五常为名，称此地为五常，后又派旗官协领五常，设衙建堡，1909年设五常府，故五常大米素有“千年水稻，百年贡米”之誉。 

新中国成立后，五常市水稻种植面积不断扩大，单位产量不断提高，水稻的栽培技术形成了特有的“五常模式”，并闻名省内外。 

20世纪50年代，五常的水稻面积已经达到近10万亩，并逐渐成为中国水稻生产第一县。

20世纪90年代起，五常就培育了适合本区域种植的五优稻、松粳等系列的稻种，并采用了具有五常特色的一段超旱育苗及大棚旱育苗栽培技术。1993年，黑龙江省五常市龙凤山乡农业技术推广站站长田永太在田里发现一株有12棵穗的稻子，用它作种子，种了十二垄稻子，当稻子快要成熟时，风吹稻田就会飘出扑鼻的香味，因此取名为“稻花香”，是百万分之一变异的优良水稻种子。五常人田里种的水稻十有八九是田永太培育的“稻花香二号”。

2006年4月，水稻杂交之父袁隆平到哈尔滨五常市考察。

2013年，五常市申报了国家级农业综合标准化示范市项目，并获批准。

2014年，五常市申报了“五常大米”地理标志全国知名品牌创建示范区，2015年获得国家质检总局批准，全国知名品牌示范区具有排他性，五常成为全国大米类地理标志保护产品中唯一的品牌示范区。同年“五常大米”被中国地理标志大典收录，国家质检总局将五常大米与欧盟进行了地理标志产品标准互换，为五常大米进入欧美市场搭建了新平台。 

2018年12月07日，为进一步净化五常大米营销环境，保护消费者的合法权益，五常市市场监督管理局局长耿军公布了《五常大米专项整治行动工作实施方案》》，五常市大米协会有关负责人宣读了保护五常大米品牌倡议书。